Attention : querelle de spécialistes !
D'un côté, Girodet et Hanse, pour qui l'adjectif stupéfait, indiquant un état, ne doit pas être confondu avec le participe passé du verbe stupéfier (= causer une grande surprise, au sens figuré), suggérant l'action.
Aussi s'évertuent-ils à bien distinguer les constructions : on est stupéfait de quelque chose (adjectif suivi de son complément) mais stupéfié par quelque chose (forme passive, avec complément d'agent).
Sa conduite les stupéfie → Ils sont stupéfaits de sa conduite (et non stupéfaits par sa conduite : la construction passive exige la forme verbale de stupéfier) ou Ils sont stupéfiés par sa conduite (et non stupéfiés de sa conduite).
Elle a été stupéfaite d'apprendre cela mais Elle a été stupéfiée par cette nouvelle.
Cette nouvelle nous a stupéfiés (et non nous a stupéfaits) mais Cette nouvelle nous a laissés stupéfaits ou Nous sommes restés stupéfaits devant cette nouvelle.
Elle le regarde d'un air stupéfait. Elle en resta stupéfaite.
De l'autre, Grevisse et Dupré qui, tout en ne reconnaissant eux aussi à stupéfait que son emploi adjectival, ne voient en revanche aucune raison de refuser l'utilisation du participe passé stupéfié comme adjectif (équivalent, dans ce cas, de stupéfait), alors que c'est pratique courante en français (Il a été surpris par la nuit / Il a été tout surpris de ma visite). D'où les formulations suivantes, également correctes à leurs yeux :
Il a été stupéfié d'apprendre cela (en plus de Il a été stupéfait d'apprendre cela).
Elle en resta stupéfiée (où en équivaut à de cela).
Au milieu, Larousse et Robert, qui ne se sont pas privés d'enregistrer le – très – controversé verbe stupéfaire (= étonner, frapper de stupeur), doublet inutile de stupéfier à la 3e personne du singulier de l'indicatif présent et aux temps composés. Donnant ainsi toute légitimité à l'emploi de stupéfait non plus seulement comme adjectif mais également comme forme de conjugaison : Elle a stupéfait tout le monde en réussissant (au lieu de Elle a stupéfié tout le monde).
Stupéfiant, ne trouvez-vous pas ?
Dans le doute, et dans la langue soignée, mieux vaut éviter d'employer stupéfait comme participe passé :
Cette nouvelle m'a stupéfié (de préférence à Cette nouvelle m'a stupéfait).
Cela me stupéfie (de préférence à Cela me stupéfait).
On retiendra qu'il est déconseillé de dire être stupéfait par : on peut être stupéfait de quelque chose ou stupéfié par (voire de) quelque chose.