On hésite parfois sur le pronom relatif à employer après certaines locutions  conjonctives construites avec fois : doit-on recourir à que ou à où après chaque fois, le nombre de fois, toutes les fois, etc. ? 

Cette concurrence entre que et où n'est pas nouvelle ; elle date du Moyen Âge et perdure jusque dans la langue littéraire : « Du temps que les bêtes parlaient » (La Fontaine), « au moment qu'il allait entrer » (Saint-Simon, Gide, etc.).

De nos jours, tout dépend de la locution employée.

Avec que

Chaque fois que : Chaque fois que tu viens, il est content (NB : Chaque fois est de meilleur langue que à chaque fois).

La première (dernière) fois que : La première fois que je l'ai vu.

Une fois que : Une fois qu'il passait par là (= lorsque, dès que).

Indifféremment avec que ou où

(Toutes) les fois que / où : Les fois que (ou où) je l'ai rencontré, toutes les fois que (ou où) je l'ai rencontré.

Le nombre de fois que / où : Le nombre de fois que (ou où) je l'ai rencontré.

Pour une fois que / où : Pour une fois que (ou où) je le recontre.

Avec où

(La, cette) fois où : Comme cette fois où je l'ai rencontré, comme la fois où il est venu.

Les quelques fois où : Les quelques fois où il a été absent.

Remarque 1 : Des fois s'emploie abusivement pour parfois (voir le billet Des fois). Des fois que s'emploie abusivement pour au cas où.

Remarque 2 : On dira chaque fois (que) de préférence à à chaque fois (que), qui relève davantage du langage familier selon A. V. Thomas... mais de la langue littéraire selon Paul Dupré (allez comprendre !).

Remarque 3 : Toutes ces locutions conjonctives se construisent avec l'indicatif.

Remarque 4 : Voir également le billet Une fois pour toutes. 

(film de Lorraine Levy)